Profile | |
Accession Number | PS50505 |
Filename | lrr_tp.prf |
Author | Andrey Kajava |
Theme | Leucine Rich Repeat |
Category | Repeats |
Validated | Yes |
Description | Tp subfamily LRR profile |
Full profile | ID LRR_TP; MATRIX. AC PS50505; DT OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE). DE Treponema pallidum (Tp) LRR profile. MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=67; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=62; CC Automatic scaling using big reversed database; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0208; R2=0.01558517; TEXT='NScore'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=832; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=304; N_SCORE=6.8; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8; MA /I: B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: SY='S'; M=4,2,-20,2,4,-27,-4,-8,-24,7,-27,-15,5,-11,8,1,15,3,-17,-30,-17,6; MA /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,37,17,-30,-30,-23,-20,-23,-7,23,-23,-3,-23; MA /M: SY='E'; M=-7,-1,-23,0,15,-23,-19,-8,-21,13,-19,-11,-1,-10,9,12,3,5,-14,-27,-13,11; MA /M: SY='T'; M=-3,-5,-19,-8,2,-12,-21,-3,-9,-4,-6,-2,-6,-14,-3,-6,1,11,-5,-24,-4,-1; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,44,-30,26,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,26,-20,0,-28; MA /M: SY='G'; M=2,-8,-28,-7,-8,-28,36,-16,-33,-8,-27,-18,-1,-10,-11,-9,2,-13,-25,-23,-25,-10; MA /M: SY='E'; M=-10,5,-25,9,16,-19,-18,9,-21,-2,-18,-11,2,-12,13,-4,1,-5,-19,-27,-8,14; MA /M: SY='H'; M=-7,5,-25,2,1,-20,-6,10,-21,-3,-20,-7,10,-16,4,-1,0,-7,-21,-19,-9,1; MA /M: SY='A'; M=40,-14,-11,-22,-13,-15,-5,-21,-4,-13,-2,-5,-14,-14,-13,-20,4,-1,5,-21,-17,-13; MA /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,69,-30,-20,3,-30,16,3,-22,-30,-37,-20,-22,-10,2,5,25,-28; MA /M: SY='D'; M=-6,4,-21,6,-1,-14,-13,6,-18,-7,-12,-8,2,-16,-3,-3,3,-3,-14,-29,-7,-3; MA /M: SY='N'; M=-7,1,-23,0,-8,-9,2,-12,-16,-11,-14,-12,5,-18,-12,-12,1,-5,-14,-25,-12,-10; MA /M: SY='C'; M=-6,6,29,-5,-12,-17,-14,-11,-20,-14,-20,-16,15,-25,-12,-14,6,4,-15,-41,-21,-12; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: SY='T'; M=1,-3,-8,-5,-5,-9,-2,-9,-7,-6,-9,-6,-1,-7,-3,-6,9,12,-2,-16,-8,-4; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='N'; M=-3,3,-23,0,3,-23,1,1,-26,5,-26,-15,11,-14,2,9,8,-3,-21,-29,-16,1; MA /M: SY='L'; M=1,-26,-19,-29,-19,4,-25,-21,17,-26,37,15,-26,-26,-18,-21,-22,-8,10,-20,-4,-19; MA /M: SY='K'; M=0,4,-24,2,16,-24,-16,-9,-21,17,-21,-12,3,-10,5,6,-1,-3,-15,-26,-15,10; MA /M: SY='R'; M=-6,3,-22,0,3,-23,-7,0,-24,8,-24,-13,9,-13,7,10,8,4,-19,-28,-13,4; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-35,-25,10,-34,-25,31,-29,33,18,-25,-26,-22,-24,-24,-9,20,-19,1,-25; MA /M: SY='E'; M=-6,-2,-21,-2,10,-16,-22,-14,-5,-7,-9,-8,-4,-10,-2,-11,4,10,-3,-29,-13,3; MA /M: SY='F'; M=-9,-29,-19,-33,-24,29,-29,-22,15,-28,28,11,-25,-28,-27,-21,-22,-9,11,-11,8,-24; MA /M: SY='P'; M=-2,-9,-28,-4,-1,-25,-14,-14,-17,-5,-23,-11,-9,37,-5,-13,1,-4,-19,-30,-22,-5; MA /M: SY='D'; M=-4,13,-23,14,6,-27,-1,-6,-28,7,-28,-19,13,-13,1,3,8,-3,-22,-31,-19,3; MA /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; MA /M: SY='S'; M=4,2,-20,2,4,-27,-4,-8,-24,7,-27,-15,5,-11,8,1,15,3,-17,-30,-17,6; MA /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,37,17,-30,-30,-23,-20,-23,-7,23,-23,-3,-23; MA /M: SY='E'; M=-7,-1,-23,0,15,-23,-19,-8,-21,13,-19,-11,-1,-10,9,12,3,5,-14,-27,-13,11; MA /M: SY='T'; M=-3,-5,-19,-8,2,-12,-21,-3,-9,-4,-6,-2,-6,-14,-3,-6,1,11,-5,-24,-4,-1; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,44,-30,26,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,26,-20,0,-28; MA /M: SY='G'; M=2,-8,-28,-7,-8,-28,36,-16,-33,-8,-27,-18,-1,-10,-11,-9,2,-13,-25,-23,-25,-10; MA /M: SY='E'; M=-10,5,-25,9,16,-19,-18,9,-21,-2,-18,-11,2,-12,13,-4,1,-5,-19,-27,-8,14; MA /M: SY='H'; M=-7,5,-25,2,1,-20,-6,10,-21,-3,-20,-7,10,-16,4,-1,0,-7,-21,-19,-9,1; MA /M: SY='A'; M=40,-14,-11,-22,-13,-15,-5,-21,-4,-13,-2,-5,-14,-14,-13,-20,4,-1,5,-21,-17,-13; MA /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,69,-30,-20,3,-30,16,3,-22,-30,-37,-20,-22,-10,2,5,25,-28; MA /M: SY='D'; M=-6,4,-21,6,-1,-14,-13,6,-18,-7,-12,-8,2,-16,-3,-3,3,-3,-14,-29,-7,-3; MA /M: SY='N'; M=-7,1,-23,0,-8,-9,2,-12,-16,-11,-14,-12,5,-18,-12,-12,1,-5,-14,-25,-12,-10; MA /M: SY='C'; M=-6,6,29,-5,-12,-17,-14,-11,-20,-14,-20,-16,15,-25,-12,-14,6,4,-15,-41,-21,-12; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: SY='T'; M=1,-3,-8,-5,-5,-9,-2,-9,-7,-6,-9,-6,-1,-7,-3,-6,9,12,-2,-16,-8,-4; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='N'; M=-3,3,-23,0,3,-23,1,1,-26,5,-26,-15,11,-14,2,9,8,-3,-21,-29,-16,1; MA /M: SY='L'; M=1,-26,-19,-29,-19,4,-25,-21,17,-26,37,15,-26,-26,-18,-21,-22,-8,10,-20,-4,-19; MA /M: SY='K'; M=0,4,-24,2,16,-24,-16,-9,-21,17,-21,-12,3,-10,5,6,-1,-3,-15,-26,-15,10; MA /M: SY='R'; M=-6,3,-22,0,3,-23,-7,0,-24,8,-24,-13,9,-13,7,10,8,4,-19,-28,-13,4; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-35,-25,10,-34,-25,31,-29,33,18,-25,-26,-22,-24,-24,-9,20,-19,1,-25; MA /M: SY='E'; M=-6,-2,-21,-2,10,-16,-22,-14,-5,-7,-9,-8,-4,-10,-2,-11,4,10,-3,-29,-13,3; MA /M: SY='F'; M=-9,-29,-19,-33,-24,29,-29,-22,15,-28,28,11,-25,-28,-27,-21,-22,-9,11,-11,8,-24; MA /M: SY='P'; M=-2,-9,-28,-4,-1,-25,-14,-14,-17,-5,-23,-11,-9,37,-5,-13,1,-4,-19,-30,-22,-5; MA /M: SY='D'; M=-4,13,-23,14,6,-27,-1,-6,-28,7,-28,-19,13,-13,1,3,8,-3,-22,-31,-19,3; MA /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; MA /M: SY='S'; M=4,2,-20,2,4,-27,-4,-8,-24,7,-27,-15,5,-11,8,1,15,3,-17,-30,-17,6; MA /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,37,17,-30,-30,-23,-20,-23,-7,23,-23,-3,-23; MA /M: SY='E'; M=-7,-1,-23,0,15,-23,-19,-8,-21,13,-19,-11,-1,-10,9,12,3,5,-14,-27,-13,11; MA /M: SY='T'; M=-3,-5,-19,-8,2,-12,-21,-3,-9,-4,-6,-2,-6,-14,-3,-6,1,11,-5,-24,-4,-1; MA /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,44,-30,26,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,26,-20,0,-28; MA /M: SY='G'; M=2,-8,-28,-7,-8,-28,36,-16,-33,-8,-27,-18,-1,-10,-11,-9,2,-13,-25,-23,-25,-10; MA /M: SY='E'; M=-10,5,-25,9,16,-19,-18,9,-21,-2,-18,-11,2,-12,13,-4,1,-5,-19,-27,-8,14; MA /M: SY='H'; M=-7,5,-25,2,1,-20,-6,10,-21,-3,-20,-7,10,-16,4,-1,0,-7,-21,-19,-9,1; MA /M: SY='A'; M=40,-14,-11,-22,-13,-15,-5,-21,-4,-13,-2,-5,-14,-14,-13,-20,4,-1,5,-21,-17,-13; MA /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,69,-30,-20,3,-30,16,3,-22,-30,-37,-20,-22,-10,2,5,25,-28; MA /M: SY='D'; M=-6,4,-21,6,-1,-14,-13,6,-18,-7,-12,-8,2,-16,-3,-3,3,-3,-14,-29,-7,-3; MA /M: SY='N'; M=-7,1,-23,0,-8,-9,2,-12,-16,-11,-14,-12,5,-18,-12,-12,1,-5,-14,-25,-12,-10; MA /M: SY='C'; M=-6,6,29,-5,-12,-17,-14,-11,-20,-14,-20,-16,15,-25,-12,-14,6,4,-15,-41,-21,-12; MA /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32; MA /M: SY='T'; M=1,-3,-8,-5,-5,-9,-2,-9,-7,-6,-9,-6,-1,-7,-3,-6,9,12,-2,-16,-8,-4; D=-6; MA /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32; MA /M: SY='N'; M=-3,3,-23,0,3,-23,1,1,-26,5,-26,-15,11,-14,2,9,8,-3,-21,-29,-16,1; MA /M: SY='L'; M=1,-26,-19,-29,-19,4,-25,-21,17,-26,37,15,-26,-26,-18,-21,-22,-8,10,-20,-4,-19; MA /M: SY='K'; M=0,4,-24,2,16,-24,-16,-9,-21,17,-21,-12,3,-10,5,6,-1,-3,-15,-26,-15,10; MA /M: SY='R'; M=-6,3,-22,0,3,-23,-7,0,-24,8,-24,-13,9,-13,7,10,8,4,-19,-28,-13,4; MA /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-35,-25,10,-34,-25,31,-29,33,18,-25,-26,-22,-24,-24,-9,20,-19,1,-25; MA /M: SY='E'; M=-6,-2,-21,-2,10,-16,-22,-14,-5,-7,-9,-8,-4,-10,-2,-11,4,10,-3,-29,-13,3; MA /M: SY='F'; M=-9,-29,-19,-33,-24,29,-29,-22,15,-28,28,11,-25,-28,-27,-21,-22,-9,11,-11,8,-24; MA /I: E1=0; IE=-105; DE=-105; CC /STATUS=submitted; CC /MATRIX_TYPE=protein_domain; CC /AUTHOR=A_Kajava; DO QDOC50500; // |