Details of the profile LRR_TP

Profile
Accession Number PS50505
Filename lrr_tp.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Tp subfamily LRR profile
Full profile 
ID   LRR_TP; MATRIX.
AC   PS50505;
DT   OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE).
DE   Treponema pallidum (Tp) LRR profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=67;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=62;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0208; R2=0.01558517; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=832; N_SCORE=15.0; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=304; N_SCORE=6.8; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=4,2,-20,2,4,-27,-4,-8,-24,7,-27,-15,5,-11,8,1,15,3,-17,-30,-17,6;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,37,17,-30,-30,-23,-20,-23,-7,23,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-1,-23,0,15,-23,-19,-8,-21,13,-19,-11,-1,-10,9,12,3,5,-14,-27,-13,11;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-5,-19,-8,2,-12,-21,-3,-9,-4,-6,-2,-6,-14,-3,-6,1,11,-5,-24,-4,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,44,-30,26,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,26,-20,0,-28;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-28,-7,-8,-28,36,-16,-33,-8,-27,-18,-1,-10,-11,-9,2,-13,-25,-23,-25,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-10,5,-25,9,16,-19,-18,9,-21,-2,-18,-11,2,-12,13,-4,1,-5,-19,-27,-8,14;
MA   /M: SY='H'; M=-7,5,-25,2,1,-20,-6,10,-21,-3,-20,-7,10,-16,4,-1,0,-7,-21,-19,-9,1;
MA   /M: SY='A'; M=40,-14,-11,-22,-13,-15,-5,-21,-4,-13,-2,-5,-14,-14,-13,-20,4,-1,5,-21,-17,-13;
MA   /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,69,-30,-20,3,-30,16,3,-22,-30,-37,-20,-22,-10,2,5,25,-28;
MA   /M: SY='D'; M=-6,4,-21,6,-1,-14,-13,6,-18,-7,-12,-8,2,-16,-3,-3,3,-3,-14,-29,-7,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-7,1,-23,0,-8,-9,2,-12,-16,-11,-14,-12,5,-18,-12,-12,1,-5,-14,-25,-12,-10;
MA   /M: SY='C'; M=-6,6,29,-5,-12,-17,-14,-11,-20,-14,-20,-16,15,-25,-12,-14,6,4,-15,-41,-21,-12;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='T'; M=1,-3,-8,-5,-5,-9,-2,-9,-7,-6,-9,-6,-1,-7,-3,-6,9,12,-2,-16,-8,-4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-3,3,-23,0,3,-23,1,1,-26,5,-26,-15,11,-14,2,9,8,-3,-21,-29,-16,1;
MA   /M: SY='L'; M=1,-26,-19,-29,-19,4,-25,-21,17,-26,37,15,-26,-26,-18,-21,-22,-8,10,-20,-4,-19;
MA   /M: SY='K'; M=0,4,-24,2,16,-24,-16,-9,-21,17,-21,-12,3,-10,5,6,-1,-3,-15,-26,-15,10;
MA   /M: SY='R'; M=-6,3,-22,0,3,-23,-7,0,-24,8,-24,-13,9,-13,7,10,8,4,-19,-28,-13,4;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-35,-25,10,-34,-25,31,-29,33,18,-25,-26,-22,-24,-24,-9,20,-19,1,-25;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-2,-21,-2,10,-16,-22,-14,-5,-7,-9,-8,-4,-10,-2,-11,4,10,-3,-29,-13,3;
MA   /M: SY='F'; M=-9,-29,-19,-33,-24,29,-29,-22,15,-28,28,11,-25,-28,-27,-21,-22,-9,11,-11,8,-24;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-9,-28,-4,-1,-25,-14,-14,-17,-5,-23,-11,-9,37,-5,-13,1,-4,-19,-30,-22,-5;
MA   /M: SY='D'; M=-4,13,-23,14,6,-27,-1,-6,-28,7,-28,-19,13,-13,1,3,8,-3,-22,-31,-19,3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='S'; M=4,2,-20,2,4,-27,-4,-8,-24,7,-27,-15,5,-11,8,1,15,3,-17,-30,-17,6;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,37,17,-30,-30,-23,-20,-23,-7,23,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-1,-23,0,15,-23,-19,-8,-21,13,-19,-11,-1,-10,9,12,3,5,-14,-27,-13,11;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-5,-19,-8,2,-12,-21,-3,-9,-4,-6,-2,-6,-14,-3,-6,1,11,-5,-24,-4,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,44,-30,26,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,26,-20,0,-28;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-28,-7,-8,-28,36,-16,-33,-8,-27,-18,-1,-10,-11,-9,2,-13,-25,-23,-25,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-10,5,-25,9,16,-19,-18,9,-21,-2,-18,-11,2,-12,13,-4,1,-5,-19,-27,-8,14;
MA   /M: SY='H'; M=-7,5,-25,2,1,-20,-6,10,-21,-3,-20,-7,10,-16,4,-1,0,-7,-21,-19,-9,1;
MA   /M: SY='A'; M=40,-14,-11,-22,-13,-15,-5,-21,-4,-13,-2,-5,-14,-14,-13,-20,4,-1,5,-21,-17,-13;
MA   /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,69,-30,-20,3,-30,16,3,-22,-30,-37,-20,-22,-10,2,5,25,-28;
MA   /M: SY='D'; M=-6,4,-21,6,-1,-14,-13,6,-18,-7,-12,-8,2,-16,-3,-3,3,-3,-14,-29,-7,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-7,1,-23,0,-8,-9,2,-12,-16,-11,-14,-12,5,-18,-12,-12,1,-5,-14,-25,-12,-10;
MA   /M: SY='C'; M=-6,6,29,-5,-12,-17,-14,-11,-20,-14,-20,-16,15,-25,-12,-14,6,4,-15,-41,-21,-12;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='T'; M=1,-3,-8,-5,-5,-9,-2,-9,-7,-6,-9,-6,-1,-7,-3,-6,9,12,-2,-16,-8,-4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-3,3,-23,0,3,-23,1,1,-26,5,-26,-15,11,-14,2,9,8,-3,-21,-29,-16,1;
MA   /M: SY='L'; M=1,-26,-19,-29,-19,4,-25,-21,17,-26,37,15,-26,-26,-18,-21,-22,-8,10,-20,-4,-19;
MA   /M: SY='K'; M=0,4,-24,2,16,-24,-16,-9,-21,17,-21,-12,3,-10,5,6,-1,-3,-15,-26,-15,10;
MA   /M: SY='R'; M=-6,3,-22,0,3,-23,-7,0,-24,8,-24,-13,9,-13,7,10,8,4,-19,-28,-13,4;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-35,-25,10,-34,-25,31,-29,33,18,-25,-26,-22,-24,-24,-9,20,-19,1,-25;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-2,-21,-2,10,-16,-22,-14,-5,-7,-9,-8,-4,-10,-2,-11,4,10,-3,-29,-13,3;
MA   /M: SY='F'; M=-9,-29,-19,-33,-24,29,-29,-22,15,-28,28,11,-25,-28,-27,-21,-22,-9,11,-11,8,-24;
MA   /M: SY='P'; M=-2,-9,-28,-4,-1,-25,-14,-14,-17,-5,-23,-11,-9,37,-5,-13,1,-4,-19,-30,-22,-5;
MA   /M: SY='D'; M=-4,13,-23,14,6,-27,-1,-6,-28,7,-28,-19,13,-13,1,3,8,-3,-22,-31,-19,3;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='S'; M=4,2,-20,2,4,-27,-4,-8,-24,7,-27,-15,5,-11,8,1,15,3,-17,-30,-17,6;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-30,-17,-30,-23,7,-30,-23,23,-27,37,17,-30,-30,-23,-20,-23,-7,23,-23,-3,-23;
MA   /M: SY='E'; M=-7,-1,-23,0,15,-23,-19,-8,-21,13,-19,-11,-1,-10,9,12,3,5,-14,-27,-13,11;
MA   /M: SY='T'; M=-3,-5,-19,-8,2,-12,-21,-3,-9,-4,-6,-2,-6,-14,-3,-6,1,11,-5,-24,-4,-1;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-30,-28,-38,-28,2,-38,-28,44,-30,26,20,-22,-22,-20,-28,-22,-10,26,-20,0,-28;
MA   /M: SY='G'; M=2,-8,-28,-7,-8,-28,36,-16,-33,-8,-27,-18,-1,-10,-11,-9,2,-13,-25,-23,-25,-10;
MA   /M: SY='E'; M=-10,5,-25,9,16,-19,-18,9,-21,-2,-18,-11,2,-12,13,-4,1,-5,-19,-27,-8,14;
MA   /M: SY='H'; M=-7,5,-25,2,1,-20,-6,10,-21,-3,-20,-7,10,-16,4,-1,0,-7,-21,-19,-9,1;
MA   /M: SY='A'; M=40,-14,-11,-22,-13,-15,-5,-21,-4,-13,-2,-5,-14,-14,-13,-20,4,-1,5,-21,-17,-13;
MA   /M: SY='F'; M=-18,-30,-20,-38,-28,69,-30,-20,3,-30,16,3,-22,-30,-37,-20,-22,-10,2,5,25,-28;
MA   /M: SY='D'; M=-6,4,-21,6,-1,-14,-13,6,-18,-7,-12,-8,2,-16,-3,-3,3,-3,-14,-29,-7,-3;
MA   /M: SY='N'; M=-7,1,-23,0,-8,-9,2,-12,-16,-11,-14,-12,5,-18,-12,-12,1,-5,-14,-25,-12,-10;
MA   /M: SY='C'; M=-6,6,29,-5,-12,-17,-14,-11,-20,-14,-20,-16,15,-25,-12,-14,6,4,-15,-41,-21,-12;
MA   /I: I=-6; MI=-32; MD=-32; IM=-32;
MA   /M: SY='T'; M=1,-3,-8,-5,-5,-9,-2,-9,-7,-6,-9,-6,-1,-7,-3,-6,9,12,-2,-16,-8,-4; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-32; IM=-32; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-3,3,-23,0,3,-23,1,1,-26,5,-26,-15,11,-14,2,9,8,-3,-21,-29,-16,1;
MA   /M: SY='L'; M=1,-26,-19,-29,-19,4,-25,-21,17,-26,37,15,-26,-26,-18,-21,-22,-8,10,-20,-4,-19;
MA   /M: SY='K'; M=0,4,-24,2,16,-24,-16,-9,-21,17,-21,-12,3,-10,5,6,-1,-3,-15,-26,-15,10;
MA   /M: SY='R'; M=-6,3,-22,0,3,-23,-7,0,-24,8,-24,-13,9,-13,7,10,8,4,-19,-28,-13,4;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-23,-35,-25,10,-34,-25,31,-29,33,18,-25,-26,-22,-24,-24,-9,20,-19,1,-25;
MA   /M: SY='E'; M=-6,-2,-21,-2,10,-16,-22,-14,-5,-7,-9,-8,-4,-10,-2,-11,4,10,-3,-29,-13,3;
MA   /M: SY='F'; M=-9,-29,-19,-33,-24,29,-29,-22,15,-28,28,11,-25,-28,-27,-21,-22,-9,11,-11,8,-24;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /AUTHOR=A_Kajava;
DO   QDOC50500;
//