Details of the profile Beta-burrito

Profile
Accession Number AK00433
Filename burrito-autoscaled.prf
Author Andrey Kajava
Theme beta-structural
Category Repeats
Validated Yes
Description
For details see Roche et al., Classification of beta-hairpin repeat proteins JSB (2017)
Full profile
ID   Beta-burrito; MATRIX.
AC   AK00433;
DT   Tue May 23 14:42:04 2017
DE   Contains two repetitive units. For details see Roche et al., Classification of beta-hairpin repeat proteins JSB (2017)
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=58;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=53;
CC   Automatic scaling using big shuffled database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.3883; R2=0.01690937; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=420; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=302; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: M0=-8; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105;
MA   /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='P'; M=-4,-8,-24,-8,-6,-19,-17,-17,-11,-10,-20,-14,-4,28,-11,-14,4,9,-10,-32,-21,-11;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-17,-18,-23,-19,-7,-26,-22,15,-14,1,3,-12,-19,-14,-10,0,11,17,-27,-8,-19;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-1,-26,-2,8,-23,-20,2,-26,23,-22,-10,1,-12,7,24,-3,1,-18,-24,-8,6;
MA   /M: SY='I'; M=1,-25,-23,-31,-24,-4,-19,-25,23,-25,16,10,-20,-22,-20,-24,-15,-9,16,-21,-7,-24;
MA   /M: SY='H'; M=-5,6,-24,1,5,-17,-15,14,-17,-1,-17,-9,11,-15,13,-2,1,-1,-21,-21,2,8;
MA   /M: SY='A'; M=34,-9,-15,-16,-11,-22,17,-19,-18,-12,-17,-13,-6,-12,-11,-19,10,-3,-8,-22,-22,-11;
MA   /M: SY='D'; M=-14,32,-25,43,10,-29,-11,-3,-27,-5,-19,-21,16,-14,-3,-10,1,-6,-22,-37,-17,4;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,1,-21,-1,9,-23,-18,4,-20,4,-19,-9,2,-10,14,1,9,13,-16,-28,-9,11;
MA   /M: SY='V'; M=7,-22,-16,-26,-20,-8,-23,-21,19,-15,5,12,-20,-21,-12,-17,-7,-4,25,-24,-10,-17;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,-3,-22,-4,7,-23,-19,4,-15,2,-16,-6,-1,-13,14,0,5,5,-11,-27,-9,10;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-25,-22,-25,-21,10,-19,-11,10,-23,24,10,-24,-29,-19,-17,-22,-10,5,-8,16,-21;
MA   /M: SY='D'; M=-14,12,-26,17,11,-15,-18,6,-25,1,-19,-14,4,-13,4,-3,-3,-4,-21,-25,-5,7;
MA   /M: SY='Q'; M=-12,-8,-25,-7,-2,-15,-23,-1,-6,-1,-3,5,-10,-19,13,3,-10,-9,-7,-18,1,4;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-2,-28,1,4,-28,-17,-13,-22,6,-24,-14,-5,22,2,-4,-1,0,-20,-27,-19,1;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,-8,-25,-9,0,-24,-12,-8,-9,7,-13,-1,-6,-13,15,3,-6,-9,-9,-19,-10,7; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-21; IM=-21; DM=-21;
MA   /M: SY='B'; M=-12,25,-27,24,16,-28,-2,1,-30,4,-27,-21,25,-13,4,4,2,-8,-29,-33,-20,9;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-15,-18,-16,-18,1,-26,-20,8,-12,0,1,-15,-23,-19,-6,-8,1,18,-24,-5,-19;
MA   /M: SY='V'; M=9,-26,-12,-29,-26,-4,-25,-28,24,-19,7,7,-25,-25,-25,-21,-7,-1,37,-27,-11,-26;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-2,-15,0,-12,-12,-22,-20,1,-12,-6,-6,-9,-19,-17,-15,2,13,16,-32,-12,-14;
MA   /M: SY='F'; M=3,-19,-19,-23,-18,12,-8,-15,-4,-20,6,-2,-15,-22,-19,-18,-7,-6,-3,-11,4,-18;
MA   /M: SY='T'; M=-8,-14,-20,-19,-14,-3,-26,-15,3,-6,2,1,-12,-19,-11,-3,-5,10,6,-18,3,-14;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-2,-30,1,-14,-31,59,-17,-40,-17,-30,-21,3,-19,-17,-19,0,-19,-30,-23,-29,-16;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-9,18,-26,13,5,-27,-8,0,-22,-2,-29,-18,24,8,6,-5,6,-3,-28,-35,-21,4;
MA   /M: SY='V'; M=24,-20,-10,-25,-20,-10,-16,-25,11,-15,0,0,-20,-20,-20,-20,0,0,26,-25,-15,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-7,-26,-7,-10,-2,-25,8,-5,-3,-8,-3,-8,-21,-7,-6,-10,-3,-5,-9,22,-11;
MA   /M: SY='Y'; M=-11,-27,-21,-29,-26,20,-31,-11,18,-20,12,8,-25,-29,-23,-18,-18,-7,18,-4,26,-26;
MA   /M: SY='H'; M=-11,-2,-25,-3,0,-13,-23,5,-6,-7,-7,2,-4,-15,4,-8,-4,1,-9,-20,4,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-12,11,-30,15,20,-40,-18,8,-24,8,-22,-7,4,-10,47,6,0,-10,-30,-24,-12,33;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-4,-25,-6,-4,-22,18,-11,-20,-5,-18,-6,1,-17,-8,-8,-3,-12,-15,-25,-19,-6;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-23; IM=0; DM=-23;
MA   /M: SY='P'; M=-4,-8,-24,-8,-6,-19,-17,-17,-11,-10,-20,-14,-4,28,-11,-14,4,9,-10,-32,-21,-11;
MA   /M: SY='V'; M=-4,-17,-18,-23,-19,-7,-26,-22,15,-14,1,3,-12,-19,-14,-10,0,11,17,-27,-8,-19;
MA   /M: SY='R'; M=-11,-1,-26,-2,8,-23,-20,2,-26,23,-22,-10,1,-12,7,24,-3,1,-18,-24,-8,6;
MA   /M: SY='I'; M=1,-25,-23,-31,-24,-4,-19,-25,23,-25,16,10,-20,-22,-20,-24,-15,-9,16,-21,-7,-24;
MA   /M: SY='H'; M=-5,6,-24,1,5,-17,-15,14,-17,-1,-17,-9,11,-15,13,-2,1,-1,-21,-21,2,8;
MA   /M: SY='A'; M=34,-9,-15,-16,-11,-22,17,-19,-18,-12,-17,-13,-6,-12,-11,-19,10,-3,-8,-22,-22,-11;
MA   /M: SY='D'; M=-14,32,-25,43,10,-29,-11,-3,-27,-5,-19,-21,16,-14,-3,-10,1,-6,-22,-37,-17,4;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,1,-21,-1,9,-23,-18,4,-20,4,-19,-9,2,-10,14,1,9,13,-16,-28,-9,11;
MA   /M: SY='V'; M=7,-22,-16,-26,-20,-8,-23,-21,19,-15,5,12,-20,-21,-12,-17,-7,-4,25,-24,-10,-17;
MA   /M: SY='Q'; M=-6,-3,-22,-4,7,-23,-19,4,-15,2,-16,-6,-1,-13,14,0,5,5,-11,-27,-9,10;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-25,-22,-25,-21,10,-19,-11,10,-23,24,10,-24,-29,-19,-17,-22,-10,5,-8,16,-21;
MA   /M: SY='D'; M=-14,12,-26,17,11,-15,-18,6,-25,1,-19,-14,4,-13,4,-3,-3,-4,-21,-25,-5,7;
MA   /M: SY='Q'; M=-12,-8,-25,-7,-2,-15,-23,-1,-6,-1,-3,5,-10,-19,13,3,-10,-9,-7,-18,1,4;
MA   /M: SY='P'; M=-3,-2,-28,1,4,-28,-17,-13,-22,6,-24,-14,-5,22,2,-4,-1,0,-20,-27,-19,1;
MA   /I: I=-4; MI=0; MD=-21; IM=0; DM=-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-7,-8,-25,-9,0,-24,-12,-8,-9,7,-13,-1,-6,-13,15,3,-6,-9,-9,-19,-10,7; D=-4;
MA   /I: I=-4; MI=-21; IM=-21; DM=-21;
MA   /M: SY='B'; M=-12,25,-27,24,16,-28,-2,1,-30,4,-27,-21,25,-13,4,4,2,-8,-29,-33,-20,9;
MA   /M: SY='V'; M=-8,-15,-18,-16,-18,1,-26,-20,8,-12,0,1,-15,-23,-19,-6,-8,1,18,-24,-5,-19;
MA   /M: SY='V'; M=9,-26,-12,-29,-26,-4,-25,-28,24,-19,7,7,-25,-25,-25,-21,-7,-1,37,-27,-11,-26;
MA   /M: SY='V'; M=-5,-2,-15,0,-12,-12,-22,-20,1,-12,-6,-6,-9,-19,-17,-15,2,13,16,-32,-12,-14;
MA   /M: SY='F'; M=3,-19,-19,-23,-18,12,-8,-15,-4,-20,6,-2,-15,-22,-19,-18,-7,-6,-3,-11,4,-18;
MA   /M: SY='T'; M=-8,-14,-20,-19,-14,-3,-26,-15,3,-6,2,1,-12,-19,-11,-3,-5,10,6,-18,3,-14;
MA   /M: SY='G'; M=-3,-2,-30,1,-14,-31,59,-17,-40,-17,-30,-21,3,-19,-17,-19,0,-19,-30,-23,-29,-16;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-32; IM=0; DM=-32;
MA   /M: SY='N'; M=-9,18,-26,13,5,-27,-8,0,-22,-2,-29,-18,24,8,6,-5,6,-3,-28,-35,-21,4;
MA   /M: SY='V'; M=24,-20,-10,-25,-20,-10,-16,-25,11,-15,0,0,-20,-20,-20,-20,0,0,26,-25,-15,-20;
MA   /M: SY='Y'; M=-13,-7,-26,-7,-10,-2,-25,8,-5,-3,-8,-3,-8,-21,-7,-6,-10,-3,-5,-9,22,-11;
MA   /M: SY='Y'; M=-11,-27,-21,-29,-26,20,-31,-11,18,-20,12,8,-25,-29,-23,-18,-18,-7,18,-4,26,-26;
MA   /M: SY='H'; M=-11,-2,-25,-3,0,-13,-23,5,-6,-7,-7,2,-4,-15,4,-8,-4,1,-9,-20,4,0;
MA   /M: SY='Q'; M=-12,11,-30,15,20,-40,-18,8,-24,8,-22,-7,4,-10,47,6,0,-10,-30,-24,-12,33;
MA   /M: SY='G'; M=-5,-4,-25,-6,-4,-22,18,-11,-20,-5,-18,-6,1,-17,-8,-8,-3,-12,-15,-25,-19,-6;
MA   /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /GENERATED_BY="pfmake -1 burrito1.msf blosum45.cmp";
CC   /good threshold before autoscale is C=4.0;
CC   /AUTHOR=A_Kajava;
//