| Profile | |
| Accession Number | AK00436 |
| Filename | rhs-repeats-auto.prf |
| Author | Andrey Kajava |
| Theme | beta-structural |
| Category | Repeats |
| Validated | Yes |
| Description | RHS-Repeats |
| Full profile | ID RHS-repeats; MATRIX. AC AK00436; DT Tue Jul 04 11:23:30 2017 DE Contains two repetitive units. For details see Roche et al., Classification of beta-hairpin repeat proteins JSB (2017) MA /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=69; MA /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=64; CC Automatic scaling using big shuffled database; MA /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=1.8957; R2=0.01613199; TEXT='NScore'; MA /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=409; N_SCORE=8.5; MODE=1; TEXT='!'; MA /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=285; N_SCORE=6.5; MODE=1; TEXT='?'; MA /DEFAULT: M0=-7; D=-20; I=-20; B0=*; B1=*; E0=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; MA /I: B0=0; B1=0; BI=-105; BD=-105; MA /M: M=-7,-7,-24,-9,-16,-13,0,-17,-1,-19,0,-2,-4,-22,-17,-18,-9,-10,-1,-26,-14,-17; MA /M: SY='Y'; M=-10,-10,-25,-11,-8,-7,-22,-1,-3,-7,-10,-3,-8,-7,1,-8,-8,-6,-5,-13,10,-6; MA /M: SY='T'; M=-8,1,-22,1,-1,-15,-24,-17,1,-11,-6,-6,-5,-13,-8,-15,-1,8,3,-30,-11,-6; MA /M: SY='T'; M=-7,-1,-19,-8,-5,-13,-19,-9,-9,-5,-3,-4,3,-17,1,2,2,15,-9,-27,-9,-3; MA /M: SY='R'; M=-2,-8,-21,-11,0,-14,-19,-11,-15,3,-6,-7,-6,-15,-1,15,-1,6,-9,-24,-11,-2; MA /M: SY='Y'; M=-14,-18,-26,-18,-17,20,-25,10,0,-13,2,0,-17,-27,-10,-11,-12,-5,-7,13,54,-17; MA /M: SY='T'; M=3,-1,-17,-4,7,-18,-15,-12,-18,0,-16,-13,0,-9,0,3,12,19,-10,-28,-15,3; MA /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-23,-22,38,-30,14,0,-13,2,0,-20,-30,-15,-12,-20,-10,-8,27,72,-22; MA /M: SY='D'; M=-18,40,-30,58,30,-38,-12,0,-38,2,-28,-28,15,-8,5,-8,0,-10,-30,-38,-20,17; MA /M: SY='P'; M=13,-13,-20,-13,-7,-21,-10,-19,-11,-11,-19,-13,-10,19,-10,-17,9,2,-6,-30,-22,-10; MA /M: SY='A'; M=9,-11,-16,-13,1,-12,-18,-17,-2,-10,1,-4,-13,-15,-8,-14,-1,4,5,-26,-13,-4; MA /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; MA /M: SY='G'; M=-5,-9,-30,-9,-10,-23,34,-7,-29,-11,-23,-12,-3,-19,1,-11,-3,-16,-27,-13,-9,-6; MA /M: SY='N'; M=-3,9,-24,1,4,-26,-10,3,-21,8,-22,-10,18,-16,18,16,2,-5,-23,-27,-15,10; MA /M: SY='L'; M=-8,-30,-18,-30,-22,8,-30,-22,22,-28,42,18,-30,-30,-22,-20,-26,-8,18,-22,-2,-22; MA /M: SY='I'; M=-9,-19,-22,-27,-22,0,-28,-18,26,-22,20,18,-13,-24,-16,-19,-17,-7,17,-24,-4,-21; MA /M: SY='G'; M=1,-5,-20,-6,-9,-22,21,-14,-27,-9,-26,-17,4,-15,-8,-4,16,6,-17,-29,-21,-9; MA /M: SY='I'; M=2,-19,-24,-26,-15,-12,-26,-20,21,-18,3,7,-11,-16,-4,-20,-5,-5,11,-23,-7,-12; MA /M: SY='R'; M=-8,-8,-25,-10,-4,-16,-17,-13,-22,12,-21,-13,-4,-15,-1,16,1,7,-15,-3,-6,-3; MA /M: SY='N'; M=-9,10,-22,7,-5,-18,-2,4,-19,-11,-13,-11,13,-17,-7,-10,2,4,-18,-31,-12,-7; MA /M: SY='R'; M=-2,7,-22,10,9,-24,-12,-7,-25,5,-20,-17,4,-11,2,11,6,3,-16,-29,-16,4; MA /M: SY='A'; M=10,-8,-19,-10,3,-17,-12,-11,-15,0,-9,-9,-6,-14,-1,6,3,-2,-9,-24,-15,0; MA /M: SY='P'; M=-6,-10,-28,-4,9,-24,-18,-15,-16,1,-22,-14,-10,25,-3,-8,0,-4,-14,-30,-21,2; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; MA /M: SY='A'; M=17,1,-15,-4,0,-19,7,-10,-17,-6,-17,-13,5,-10,-4,-11,9,-2,-12,-23,-18,-2; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='T'; M=-4,4,-15,3,-1,-18,0,-8,-16,-5,-14,-10,2,-9,2,-6,7,11,-12,-20,-11,0; D=-3; MA /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; MA /M: SY='P'; M=-1,1,-14,4,1,-14,-7,-5,-13,1,-12,-9,-2,9,-1,2,-2,-4,-11,-14,-10,-1; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='R'; M=2,-1,-11,-1,6,-11,-5,-3,-12,3,-10,-8,0,-5,3,7,5,0,-8,-14,-9,4; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='N'; M=-3,2,-16,1,2,-11,3,-5,-15,-4,-16,-12,6,-9,-2,-5,3,-4,-16,-2,-8,1; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='A'; M=4,-6,-11,-8,-5,-13,0,-9,-6,-6,-8,-3,-5,-10,1,-7,2,1,-2,-14,-10,-2; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='K'; M=-6,-4,-18,-4,-1,-11,-2,-4,-16,14,-14,-6,-2,-10,0,7,-6,-7,-12,-6,3,-1; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='N'; M=-7,6,-18,3,-8,-16,-17,-12,-5,-2,-13,-8,7,-19,-11,-6,0,3,3,-33,-14,-9; MA /M: M=-7,-7,-24,-9,-16,-13,0,-17,-1,-19,0,-2,-4,-22,-17,-18,-9,-10,-1,-26,-14,-17; MA /M: SY='Y'; M=-10,-10,-25,-11,-8,-7,-22,-1,-3,-7,-10,-3,-8,-7,1,-8,-8,-6,-5,-13,10,-6; MA /M: SY='T'; M=-8,1,-22,1,-1,-15,-24,-17,1,-11,-6,-6,-5,-13,-8,-15,-1,8,3,-30,-11,-6; MA /M: SY='T'; M=-7,-1,-19,-8,-5,-13,-19,-9,-9,-5,-3,-4,3,-17,1,2,2,15,-9,-27,-9,-3; MA /M: SY='R'; M=-2,-8,-21,-11,0,-14,-19,-11,-15,3,-6,-7,-6,-15,-1,15,-1,6,-9,-24,-11,-2; MA /M: SY='Y'; M=-14,-18,-26,-18,-17,20,-25,10,0,-13,2,0,-17,-27,-10,-11,-12,-5,-7,13,54,-17; MA /M: SY='T'; M=3,-1,-17,-4,7,-18,-15,-12,-18,0,-16,-13,0,-9,0,3,12,19,-10,-28,-15,3; MA /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-23,-22,38,-30,14,0,-13,2,0,-20,-30,-15,-12,-20,-10,-8,27,72,-22; MA /M: SY='D'; M=-18,40,-30,58,30,-38,-12,0,-38,2,-28,-28,15,-8,5,-8,0,-10,-30,-38,-20,17; MA /M: SY='P'; M=13,-13,-20,-13,-7,-21,-10,-19,-11,-11,-19,-13,-10,19,-10,-17,9,2,-6,-30,-22,-10; MA /M: SY='A'; M=9,-11,-16,-13,1,-12,-18,-17,-2,-10,1,-4,-13,-15,-8,-14,-1,4,5,-26,-13,-4; MA /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29; MA /M: SY='G'; M=-5,-9,-30,-9,-10,-23,34,-7,-29,-11,-23,-12,-3,-19,1,-11,-3,-16,-27,-13,-9,-6; MA /M: SY='N'; M=-3,9,-24,1,4,-26,-10,3,-21,8,-22,-10,18,-16,18,16,2,-5,-23,-27,-15,10; MA /M: SY='L'; M=-8,-30,-18,-30,-22,8,-30,-22,22,-28,42,18,-30,-30,-22,-20,-26,-8,18,-22,-2,-22; MA /M: SY='I'; M=-9,-19,-22,-27,-22,0,-28,-18,26,-22,20,18,-13,-24,-16,-19,-17,-7,17,-24,-4,-21; MA /M: SY='G'; M=1,-5,-20,-6,-9,-22,21,-14,-27,-9,-26,-17,4,-15,-8,-4,16,6,-17,-29,-21,-9; MA /M: SY='I'; M=2,-19,-24,-26,-15,-12,-26,-20,21,-18,3,7,-11,-16,-4,-20,-5,-5,11,-23,-7,-12; MA /M: SY='R'; M=-8,-8,-25,-10,-4,-16,-17,-13,-22,12,-21,-13,-4,-15,-1,16,1,7,-15,-3,-6,-3; MA /M: SY='N'; M=-9,10,-22,7,-5,-18,-2,4,-19,-11,-13,-11,13,-17,-7,-10,2,4,-18,-31,-12,-7; MA /M: SY='R'; M=-2,7,-22,10,9,-24,-12,-7,-25,5,-20,-17,4,-11,2,11,6,3,-16,-29,-16,4; MA /M: SY='A'; M=10,-8,-19,-10,3,-17,-12,-11,-15,0,-9,-9,-6,-14,-1,6,3,-2,-9,-24,-15,0; MA /M: SY='P'; M=-6,-10,-28,-4,9,-24,-18,-15,-16,1,-22,-14,-10,25,-3,-8,0,-4,-14,-30,-21,2; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; MA /M: SY='A'; M=17,1,-15,-4,0,-19,7,-10,-17,-6,-17,-13,5,-10,-4,-11,9,-2,-12,-23,-18,-2; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='T'; M=-4,4,-15,3,-1,-18,0,-8,-16,-5,-14,-10,2,-9,2,-6,7,11,-12,-20,-11,0; D=-3; MA /I: I=-3; MI=0; MD=-15; IM=0; DM=-15; MA /M: SY='R'; M=1,-1,-10,1,-3,-10,-8,-7,-5,0,-6,-5,-3,-9,-4,2,-2,-2,1,-14,-7,-4; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='R'; M=2,-1,-11,-1,6,-11,-5,-3,-12,3,-10,-8,0,-5,3,7,5,0,-8,-14,-9,4; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='N'; M=-3,2,-16,1,2,-11,3,-5,-15,-4,-16,-12,6,-9,-2,-5,3,-4,-16,-2,-8,1; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='A'; M=4,-6,-11,-8,-5,-13,0,-9,-6,-6,-8,-3,-5,-10,1,-7,2,1,-2,-14,-10,-2; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; MD=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='K'; M=-6,-4,-18,-4,-1,-11,-2,-4,-16,14,-14,-6,-2,-10,0,7,-6,-7,-12,-6,3,-1; D=-3; MA /I: I=-3; MI=-15; IM=-15; DM=-15; MA /M: SY='N'; M=-7,6,-18,3,-8,-16,-17,-12,-5,-2,-13,-8,7,-19,-11,-6,0,3,3,-33,-14,-9; MA /M: M=-7,-7,-24,-9,-16,-13,0,-17,-1,-19,0,-2,-4,-22,-17,-18,-9,-10,-1,-26,-14,-17; MA /M: SY='Y'; M=-10,-10,-25,-11,-8,-7,-22,-1,-3,-7,-10,-3,-8,-7,1,-8,-8,-6,-5,-13,10,-6; MA /M: SY='T'; M=-8,1,-22,1,-1,-15,-24,-17,1,-11,-6,-6,-5,-13,-8,-15,-1,8,3,-30,-11,-6; MA /M: SY='T'; M=-7,-1,-19,-8,-5,-13,-19,-9,-9,-5,-3,-4,3,-17,1,2,2,15,-9,-27,-9,-3; MA /M: SY='R'; M=-2,-8,-21,-11,0,-14,-19,-11,-15,3,-6,-7,-6,-15,-1,15,-1,6,-9,-24,-11,-2; MA /M: SY='Y'; M=-14,-18,-26,-18,-17,20,-25,10,0,-13,2,0,-17,-27,-10,-11,-12,-5,-7,13,54,-17; MA /M: SY='T'; M=3,-1,-17,-4,7,-18,-15,-12,-18,0,-16,-13,0,-9,0,3,12,19,-10,-28,-15,3; MA /M: SY='Y'; M=-20,-22,-28,-23,-22,38,-30,14,0,-13,2,0,-20,-30,-15,-12,-20,-10,-8,27,72,-22; MA /M: SY='D'; M=-18,40,-30,58,30,-38,-12,0,-38,2,-28,-28,15,-8,5,-8,0,-10,-30,-38,-20,17; MA /I: E0=0; E1=0; IE=-105; DE=-105; CC /GENERATED_BY="pfmake -1 rhs-yd-rep.msf blosum45.cmp"; CC /AUTHOR=A_Kajava; // |