Details of the profile LRR_CC

Profile
Accession Number PS50501
Filename lrr_cc.prf
Author Andrey Kajava
Theme Leucine Rich Repeat
Category Repeats
Validated Yes
Description
Cysteine-containing LRR profile
Full profile 
ID   LRR_CC; MATRIX.
AC   PS50501;
DT   OCT-2001 (CREATED); OCT-2001 (DATA UPDATE); OCT-2001 (INFO UPDATE).
DE   Cysteine-containing LRR profile.
MA   /GENERAL_SPEC: ALPHABET='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWYZ'; LENGTH=78;
MA   /DISJOINT: DEFINITION=PROTECT; N1=6; N2=73;
CC   Automatic scaling using big reversed database;
MA   /NORMALIZATION: MODE=1; FUNCTION=LINEAR; R1=2.0621; R2=0.01607288; TEXT='NScore';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=0; SCORE=584; N_SCORE=11.45; MODE=1; TEXT='!';
MA   /CUT_OFF: LEVEL=-1; SCORE=335; N_SCORE=7.45; MODE=1; TEXT='?';
MA   /DEFAULT: D=-20; I=-20; B1=*; E1=*; MI=-105; MD=-105; IM=-105; DM=-105; M0=-8;
MA   /I: B1=0; BI=-105; BD=-105;
MA   /M: SY='S'; M=2,4,-18,6,5,-22,-3,-8,-23,-4,-24,-17,5,-11,2,-8,19,10,-15,-31,-15,3;
MA   /M: SY='N'; M=-9,0,-22,-3,-10,-18,4,1,-24,-9,-18,-11,5,-21,-8,-5,-7,-13,-22,-9,-10,-9;
MA   /M: SY='C'; M=-7,-13,64,-20,-20,-17,-22,-21,-23,-22,-19,-17,-10,-23,-20,-23,-1,-2,-11,-41,-22,-21;
MA   /M: SY='F'; M=-10,-9,-23,-10,-6,3,-16,-7,-13,-8,-13,-10,-5,-9,-11,-5,-3,-3,-10,-19,-2,-9;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-7,12,-21,8,0,-19,-7,-1,-16,0,-14,-7,17,-16,3,2,0,-5,-18,-28,-13,1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-23,-35,-27,14,-33,-24,30,-28,25,18,-24,-25,-23,-23,-21,-9,22,-17,3,-26;
MA   /M: SY='T'; M=-4,6,-17,-2,-1,-17,-15,-5,-14,-3,-17,-11,11,-12,1,-5,13,22,-11,-31,-12,0;
MA   /M: SY='D'; M=-16,28,-28,38,19,-28,-14,2,-30,1,-24,-22,14,-7,1,-7,-2,-9,-25,-34,-16,9;
MA   /M: SY='E'; M=-6,9,-24,13,14,-23,-12,-5,-27,7,-25,-18,8,-7,4,7,6,-2,-21,-30,-16,8;
MA   /M: SY='S'; M=5,-5,-9,-9,-10,-17,-1,-9,-16,-14,-15,-11,-1,-15,-10,-14,11,11,-9,-30,-15,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-14,-31,-25,10,-29,-22,17,-25,24,13,-29,-30,-23,-20,-23,-9,17,-8,3,-24;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,-3,-26,-2,12,-20,-19,3,-17,5,-11,-5,-1,-14,16,8,-3,-7,-19,-23,-6,13;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-2,-22,-6,0,-13,-15,-5,-11,-1,-11,-7,0,-15,-4,-5,-1,3,-9,-22,-4,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-29,-21,-33,-23,18,-30,-22,20,-29,34,15,-25,-27,-23,-22,-24,-9,11,-15,4,-23;
MA   /M: SY='F'; M=6,-20,-18,-25,-19,8,-8,-20,-2,-19,6,-1,-16,-22,-21,-16,-9,-5,3,-16,-5,-19;
MA   /M: SY='S'; M=-3,2,-22,1,3,-21,-15,3,-15,-2,-17,-10,4,-14,2,-1,6,0,-11,-30,-11,1;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-3,-20,-5,-3,-10,-10,3,-13,5,-13,-5,3,-13,2,9,-3,-6,-12,-15,-2,-2; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='C'; M=-8,-16,42,-22,-19,-14,-21,-21,-15,-18,-6,-9,-13,-29,-18,-16,-8,-7,-7,-37,-19,-19;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-6,-27,-4,3,-24,-10,-9,-20,-4,-25,-16,-4,24,-4,-10,3,-1,-19,-31,-21,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-8,4,-22,-3,-2,-16,-15,0,-18,7,-17,-9,10,-16,3,12,2,5,-16,-25,-6,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,24,-30,46,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,13,-20,0,-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,2,-23,2,7,-23,-19,-7,-15,8,-17,-9,1,-14,9,5,1,1,-10,-28,-13,8;
MA   /M: SY='H'; M=-11,-1,-25,0,12,-14,-19,14,-19,2,-16,-10,1,-14,8,5,0,-3,-18,-20,5,8;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-32,-23,17,-31,-22,21,-29,37,16,-28,-29,-24,-21,-25,-9,15,-17,3,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-9,19,-24,17,4,-25,-2,6,-25,-3,-26,-17,23,-15,2,-2,8,-3,-23,-34,-16,2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-33,-24,12,-32,-23,26,-30,38,18,-27,-28,-22,-22,-26,-10,16,-18,2,-24;
MA   /M: SY='S'; M=2,4,-18,6,5,-22,-3,-8,-23,-4,-24,-17,5,-11,2,-8,19,10,-15,-31,-15,3;
MA   /M: SY='N'; M=-9,0,-22,-3,-10,-18,4,1,-24,-9,-18,-11,5,-21,-8,-5,-7,-13,-22,-9,-10,-9;
MA   /M: SY='C'; M=-7,-13,64,-20,-20,-17,-22,-21,-23,-22,-19,-17,-10,-23,-20,-23,-1,-2,-11,-41,-22,-21;
MA   /M: SY='F'; M=-10,-9,-23,-10,-6,3,-16,-7,-13,-8,-13,-10,-5,-9,-11,-5,-3,-3,-10,-19,-2,-9;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-7,12,-21,8,0,-19,-7,-1,-16,0,-14,-7,17,-16,3,2,0,-5,-18,-28,-13,1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-23,-35,-27,14,-33,-24,30,-28,25,18,-24,-25,-23,-23,-21,-9,22,-17,3,-26;
MA   /M: SY='T'; M=-4,6,-17,-2,-1,-17,-15,-5,-14,-3,-17,-11,11,-12,1,-5,13,22,-11,-31,-12,0;
MA   /M: SY='D'; M=-16,28,-28,38,19,-28,-14,2,-30,1,-24,-22,14,-7,1,-7,-2,-9,-25,-34,-16,9;
MA   /M: SY='E'; M=-6,9,-24,13,14,-23,-12,-5,-27,7,-25,-18,8,-7,4,7,6,-2,-21,-30,-16,8;
MA   /M: SY='S'; M=5,-5,-9,-9,-10,-17,-1,-9,-16,-14,-15,-11,-1,-15,-10,-14,11,11,-9,-30,-15,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-14,-31,-25,10,-29,-22,17,-25,24,13,-29,-30,-23,-20,-23,-9,17,-8,3,-24;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,-3,-26,-2,12,-20,-19,3,-17,5,-11,-5,-1,-14,16,8,-3,-7,-19,-23,-6,13;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-2,-22,-6,0,-13,-15,-5,-11,-1,-11,-7,0,-15,-4,-5,-1,3,-9,-22,-4,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-29,-21,-33,-23,18,-30,-22,20,-29,34,15,-25,-27,-23,-22,-24,-9,11,-15,4,-23;
MA   /M: SY='F'; M=6,-20,-18,-25,-19,8,-8,-20,-2,-19,6,-1,-16,-22,-21,-16,-9,-5,3,-16,-5,-19;
MA   /M: SY='S'; M=-3,2,-22,1,3,-21,-15,3,-15,-2,-17,-10,4,-14,2,-1,6,0,-11,-30,-11,1;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-3,-20,-5,-3,-10,-10,3,-13,5,-13,-5,3,-13,2,9,-3,-6,-12,-15,-2,-2; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='C'; M=-8,-16,42,-22,-19,-14,-21,-21,-15,-18,-6,-9,-13,-29,-18,-16,-8,-7,-7,-37,-19,-19;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-6,-27,-4,3,-24,-10,-9,-20,-4,-25,-16,-4,24,-4,-10,3,-1,-19,-31,-21,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-8,4,-22,-3,-2,-16,-15,0,-18,7,-17,-9,10,-16,3,12,2,5,-16,-25,-6,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,24,-30,46,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,13,-20,0,-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,2,-23,2,7,-23,-19,-7,-15,8,-17,-9,1,-14,9,5,1,1,-10,-28,-13,8;
MA   /M: SY='H'; M=-11,-1,-25,0,12,-14,-19,14,-19,2,-16,-10,1,-14,8,5,0,-3,-18,-20,5,8;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-32,-23,17,-31,-22,21,-29,37,16,-28,-29,-24,-21,-25,-9,15,-17,3,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-9,19,-24,17,4,-25,-2,6,-25,-3,-26,-17,23,-15,2,-2,8,-3,-23,-34,-16,2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-33,-24,12,-32,-23,26,-30,38,18,-27,-28,-22,-22,-26,-10,16,-18,2,-24;
MA   /M: SY='S'; M=2,4,-18,6,5,-22,-3,-8,-23,-4,-24,-17,5,-11,2,-8,19,10,-15,-31,-15,3;
MA   /M: SY='N'; M=-9,0,-22,-3,-10,-18,4,1,-24,-9,-18,-11,5,-21,-8,-5,-7,-13,-22,-9,-10,-9;
MA   /M: SY='C'; M=-7,-13,64,-20,-20,-17,-22,-21,-23,-22,-19,-17,-10,-23,-20,-23,-1,-2,-11,-41,-22,-21;
MA   /M: SY='F'; M=-10,-9,-23,-10,-6,3,-16,-7,-13,-8,-13,-10,-5,-9,-11,-5,-3,-3,-10,-19,-2,-9;
MA   /I: I=-6; MI=0; MD=-29; IM=0; DM=-29;
MA   /M: SY='N'; M=-7,12,-21,8,0,-19,-7,-1,-16,0,-14,-7,17,-16,3,2,0,-5,-18,-28,-13,1; D=-6;
MA   /I: I=-6; MI=-29; IM=-29; DM=-29;
MA   /M: SY='I'; M=-10,-29,-23,-35,-27,14,-33,-24,30,-28,25,18,-24,-25,-23,-23,-21,-9,22,-17,3,-26;
MA   /M: SY='T'; M=-4,6,-17,-2,-1,-17,-15,-5,-14,-3,-17,-11,11,-12,1,-5,13,22,-11,-31,-12,0;
MA   /M: SY='D'; M=-16,28,-28,38,19,-28,-14,2,-30,1,-24,-22,14,-7,1,-7,-2,-9,-25,-34,-16,9;
MA   /M: SY='E'; M=-6,9,-24,13,14,-23,-12,-5,-27,7,-25,-18,8,-7,4,7,6,-2,-21,-30,-16,8;
MA   /M: SY='S'; M=5,-5,-9,-9,-10,-17,-1,-9,-16,-14,-15,-11,-1,-15,-10,-14,11,11,-9,-30,-15,-10;
MA   /M: SY='L'; M=-9,-29,-14,-31,-25,10,-29,-22,17,-25,24,13,-29,-30,-23,-20,-23,-9,17,-8,3,-24;
MA   /M: SY='Q'; M=-10,-3,-26,-2,12,-20,-19,3,-17,5,-11,-5,-1,-14,16,8,-3,-7,-19,-23,-6,13;
MA   /M: SY='T'; M=-4,-2,-22,-6,0,-13,-15,-5,-11,-1,-11,-7,0,-15,-4,-5,-1,3,-9,-22,-4,-3;
MA   /M: SY='L'; M=-7,-29,-21,-33,-23,18,-30,-22,20,-29,34,15,-25,-27,-23,-22,-24,-9,11,-15,4,-23;
MA   /M: SY='F'; M=6,-20,-18,-25,-19,8,-8,-20,-2,-19,6,-1,-16,-22,-21,-16,-9,-5,3,-16,-5,-19;
MA   /M: SY='S'; M=-3,2,-22,1,3,-21,-15,3,-15,-2,-17,-10,4,-14,2,-1,6,0,-11,-30,-11,1;
MA   /I: I=-5; MI=-27; MD=-27; IM=-27;
MA   /M: SY='R'; M=-8,-3,-20,-5,-3,-10,-10,3,-13,5,-13,-5,3,-13,2,9,-3,-6,-12,-15,-2,-2; D=-5;
MA   /I: I=-5; MI=0; MD=-27; IM=0; DM=-27;
MA   /M: SY='C'; M=-8,-16,42,-22,-19,-14,-21,-21,-15,-18,-6,-9,-13,-29,-18,-16,-8,-7,-7,-37,-19,-19;
MA   /M: SY='P'; M=-5,-6,-27,-4,3,-24,-10,-9,-20,-4,-25,-16,-4,24,-4,-10,3,-1,-19,-31,-21,-2;
MA   /M: SY='R'; M=-8,4,-22,-3,-2,-16,-15,0,-18,7,-17,-9,10,-16,3,12,2,5,-16,-25,-6,-1;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-21,-31,-21,9,-31,-21,24,-30,46,20,-29,-29,-20,-21,-29,-10,13,-20,0,-21;
MA   /M: SY='Q'; M=-8,2,-23,2,7,-23,-19,-7,-15,8,-17,-9,1,-14,9,5,1,1,-10,-28,-13,8;
MA   /M: SY='H'; M=-11,-1,-25,0,12,-14,-19,14,-19,2,-16,-10,1,-14,8,5,0,-3,-18,-20,5,8;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-20,-32,-23,17,-31,-22,21,-29,37,16,-28,-29,-24,-21,-25,-9,15,-17,3,-23;
MA   /M: SY='N'; M=-9,19,-24,17,4,-25,-2,6,-25,-3,-26,-17,23,-15,2,-2,8,-3,-23,-34,-16,2;
MA   /M: SY='L'; M=-10,-30,-22,-33,-24,12,-32,-23,26,-30,38,18,-27,-28,-22,-22,-26,-10,16,-18,2,-24;
MA   /I: E1=0; IE=-105; DE=-105;
CC   /STATUS=submitted;
CC   /MATRIX_TYPE=protein_domain;
CC   /AUTHOR=A_Kajava;
DO   QDOC50500;
//